A shorter re-do, in French, of my SatRday Cape Town talk about rOpenSci software review.
rOpenSci est une communauté de chercheurs et de développeurs informatiques collaborant pour créer des paquets R pour soutenir la science ouverte et reproductible. Certains de ces paquets sont créés et maintenus par le personnel de rOpenSci, d’autres par des volontaires. Pour assurer la qualité de tous les paquets, rOpenSci a un système de revue des paquets par des pairs [1]. Ce système est transparent et accessible sur GitHub. Dans cet oral, ce système sera présenté. Des analyses des revues seront présentées grâce à des outils R d’extraction de données git et GitHub [1-6] et à des outils R d’analyse de code et de texte [7-8]. Venez écouter cet oral si vous êtes curieux de la revue de paquets par les pairs, ou que vous vous demandez comment interagir avec l’API V4 de GitHub, comment dompter du JSON, visualiser un historique git, compter des lignes de code, et résumer le texte d’issues GitHub ! Vous apprendrez sûrement quelque chose.
Références
[1] Karthik Ram, Noam Ross, Scott Chamberlain (2017). Lightning talk: A model for peer review and onboarding research software. 4th Workshop on Sustainable Software for Science: Practice and Experiences (WSSSPE4). https://pdfs.semanticscholar.org/0d9b/e20b0a51f1ad6b92bf7eb430240217de32c1.pdf
[2] Scott Chamberlain (2018). ghql: General Purpose GraphQL Client. R package version 0.0.4.9210. https://github.com/ropensci/ghql
[3] Rich FitzJohn, Jeroen Ooms, Scott Chamberlain and Stefan Milton Bache (2017). jqr: Client for ‘jq’, a ‘JSON’ Processor. R package version 1.0.0. https://CRAN.R-project.org/package=jqr
[4] Maëlle Salmon and Scott Chamberlain (2018). ghrecipes: Provides some helper functions for using the GitHub V4 API. R package version 0.1.0. https://github.com/ropenscilabs/ghrecipes
[5] Widgren, S., et al. (2018) git2r: Provides Access to Git Repositories. R package version 0.21.0. URL https://CRAN.R-project.org/package=git2r.
[6] Lorenz Walthert (2018). gitsum: Parse and summarize git repositories. R package version 0.0.9001.
[7] Bob Rudis and Al Danial (2018). cloc: Count Lines of Code, Comments and Whitespace in Source Files and Archives. R package version 0.1.0.
[8] Silge J and Robinson D (2016). “tidytext: Text Mining and Analysis Using Tidy Data Principles in R.” JOSS, 1(3). doi: 10.21105/joss.00037 (URL: http://doi.org/10.21105/joss.00037), <URL: http://dx.doi.org/10.21105/joss.00037>.
[9] Rinker, T. W. (2018). sentimentr: Calculate Text Polarity Sentiment version 2.2.3. http://github.com/trinker/sentimentr