Talks & tutorials on Maëlle Salmon's personal website

Oops, Git!

Thu, 19 Mar 2026 00:00:00 +0000

To purchase the recording see https://sites.google.com/view/dariia-mykhailyshyna/main/r-workshops-for-ukraine#h.wqbtxn2ugxva

Git is very useful. But it can also be scary when we make a mistake. Fortunately, with experience we make fewer mistakes… and/or we know better how to recover from them! In this hands-on workshop, we will learn how to get out of seven possible bad situations that can occur, with seven exercises inspired by the “Oh Shit, Git!” website https://ohshitgit.com/ and provided by the R package {saperlipopette}. https://docs.ropensci.org/saperlipopette/index.html By the end of this workshop, we’ll feel more capable of dealing with Git and our own fallibility.

This workshop is aimed at people who already have some experience using version control, although you don’t need to be an expert. It’s ideal for those who want to strengthen their confidence and autonomy in difficult situations.

Bye, Git checkout!

Tue, 03 Mar 2026 00:00:00 +0000

What to replace git checkout with (git switch to change branches, git restore to restore files to a given state), including a comparison of git restore/git revert/git reset.

Extending roxygen2

Mon, 02 Mar 2026 00:00:00 +0000

What I learnt about extending roxygen2, through use cases.

Mejor código, sin esfuerzos, sin siquiera IA

Thu, 04 Dec 2025 00:00:00 +0000

Con Hugo Gruson y Etienne Bacher.

Estamos viviendo una revolución de la programación, con la democratización de la inteligencia artificial…Pero también con la creación y los mejoramientos de herramientas más de la vieja escuela para mejorar su código: locales, gratuitos, deterministas. En esta charla os presentaré Air, una herramienta para formatear el código R de manera automática y quasi instantánea; lintr, un paquete R que detecta siempre más motivos de código para mejorar; flir, un paquete R que para una parte de los chequeos de lintr no solo los detecta más rápido sino también los repara de forma automática. Con estas tres herramientas maravillosas, puedes mejorar sin esfuerzo tu código, el código de tus compañeras y compañeros… Y el código que te propone una IA.

R-Multiverse

Wed, 03 Dec 2025 00:00:00 +0000

Con Will Landau y Yanina Bellini Saibene.

R-multiverse es un nuevo repositorio dual gestionado por la comunidad que funciona con la infraestructura de código abierto R-universe. R-multiverse tiene su origen en el Repository Working Group (Grupo de Trabajo de Repositorios) del R Consortium y funciona de forma colaborativa y abierta. Su objetivo es lograr una gestión transparente, un alto grado de automatización y paquetes de alta calidad. Además, acepta paquetes que no entran dentro del ámbito de CRAN y Bioconductor. Por otra parte, permite a los mantenedores controlar directamente el lanzamiento y la distribución de sus paquetes. R-multiverse alberga dos repositorios: Comunidad y Producción. El repositorio Comunidad es un universo compartido que implementa continuamente la última versión de GitHub/GitLab de cada paquete registrado, y el repositorio Producción es una instantánea trimestral de todas las versiones de Comunidad que superan controles automatizados transparentes. R-multiverse aún no está maduro ni consolidado, pero se encuentra en fase de desarrollo activo y está listo para recibir contribuciones de paquetes. Esperamos vuestras contribuciones y preguntas!

¡Miércoles, Git!

Tue, 02 Dec 2025 00:00:00 +0000

Taller práctico para aprender a resolver 7 errores comunes en Git y ganar confianza desde R

Con Yanina Bellini Saibene.

Git es muy útil, por cierto. Pero también puede ser escalofriante cuando cometemos un error. Por suerte, con experiencia cometemos menos errores… y/o sabemos mejor cómo corregirlas! En este taller práctico aprenderemos a salir de siete posibles situaciones de mier…coles que pueden ocurrirse, con siete ejercicios inspirados del sitio web Oh Shit, Git! y proporcionados por el paquete R {saperlipopette}. Al final de este taller, nos sentiremos más capaces de enfrentarnos a Git y a nuestra propia falibilidad.

Este taller está orientado a personas que ya tienen alguna experiencia usando control de versiones, aunque no hace falta ser experto o experta. Ideal para quienes quieren fortalecer su confianza y autonomía frente a situaciones difíciles.

Requisitos

Para participar necesitarán una computadora con conexión a internet. Experiencia previa básica con Git y control de versiones es recomendable.

Instructoras

Maëlle Salmon - doctora en estadística e ingeniera en software de R e investigación. Trabaja en rOpenSci, creó el blog de R-hub y coescribió el libro HTTP testing in R junto a Scott Chamberlain. Además, es miembro del equipo global de R-Ladies+ y colabora activamente en el desarrollo de herramientas para la comunidad de R. Enseña Git de forma regular desde hace meses, incluso este mismo tutorial en R en Buenos Aires + R-Ladies Santa Rosa. Creó el paquete {saperlipopette} para poder mostrar y compartir ejercicios de Git. Realiza traducciones al español con Yanina.

Yanina Bellini Saibene - maestra en Data Mining and Knowledge Discovery. Trabaja como Community Manager en rOpenSci y es parte del consejo directivo de R-Ladies+ y The Carpentries. Yanina es instructora y trainer certificada por The Carpentries y una GitHub Star. Ha enseñado Git y GitHub y como usarlo con R desde hace varios años. Trabaja con Maëlle en rOpenSci, especialmente en el Programa de Campeon(a|e)s y el Proyecto Multilingüe.

R Packages, good vibes only

Tue, 25 Nov 2025 00:00:00 +0000

Organizations using R often maintain packages answering their specific needs for ingesting data from particular formats, performing specialized statistical analyses, or producing branded reports. Such Institutional toolboxes are time savers and help with continuity of organizations’ activities. These toolboxes can be made even more useful and delightful to work with through well-designed curation that cultivates quality at both the package and collection level. In this talk, I will explain how your organization can apply lessons, guidance and tooling from the rOpenSci package review system to strengthen code and interface quality, and improve statistical robustness; how your organization can rely on R-universe to officially onboard your organization’s packages, to then easily distribute and showcase them. All of this in a kind, accessible and constructive atmosphere like the one we strive to curate at rOpenSci: good vibes only!

Painlessly Improve Your Git History

Mon, 24 Nov 2025 00:00:00 +0000

A confident Git practice can change the working life of anyone writing code or prose with R, resulting in a useful history to browse or inspect, the ability to work in parallel on different aspects, and so on. In particular, the best Git practice is to create small atomic commits with informative messages. But why? And how? Learn three reasons why small Git commits are worthwhile. Find out how to create them realistically, without too much hassle. Practice safely with the saperlipopette R package, and share your own Git tips and questions! I will use playgrounds created by saperlipopette to illustrate Git techniques and strategies. The participants can then re-create the exact same playgrounds and practice before we move on to the next topic. This tutorial will therefore be active and engaging! Prerequisites:

Basic knowledge of Git (git add, git commit, git push/pull, branch creation, merging branches on a platform like GitHub).
Local installation of Git. https://happygitwithr.com/install-git + https://happygitwithr.com/hello-git
Install saperlipopette. https://docs.ropensci.org/saperlipopette/
I’ll do two demos using Positron (the other ones in RStudio IDE) https://positron.posit.co/, if you want to test too you can install it and install the GitLens extension. But the exercises can be done no matter in which interface you use R and Git!

Desarrollo de paquetes avanzado

Tue, 07 Oct 2025 00:00:00 +0000

Taller para quiénes ya han desarrollado, o contribuido a, paquetes R. Mejor venís con un paquete tuyo para trabajar en ello.

Esta sesion de capacitación del Programa de Campeon(a|e)s de rOpenSci pertenece al track técnico de formación en programación.

Desarrollo de paquetes para principiantes

Tue, 30 Sep 2025 00:00:00 +0000

¿Qué significa desarrollar un paquete R? En esta sesión con una demostración en vivo, desmitificaremos la creación de un paquete R. Los paquetes R son, en su mayoría, carpetas bien organizadas, y existen herramientas automáticas que ayudan a crearlos. ¡Descubre las maravillas de usethis!

Estas 3 sesiones de capacitación del Programa de Campeon(a|e)s de rOpenSci pertenecen al track técnico de formación en programación.

¡Código hermoso, porque lo valemos!

Tue, 02 Sep 2025 00:00:00 +0000

Esta sesion de capacitación del Programa de Campeon(a|e)s de rOpenSci pertenece al track técnico de formación en programación.

¡Miércoles, Git! Manejo de errores en Git y no morir en el intento

Tue, 24 Jun 2025 00:00:00 +0000

R en Buenos Aires y R-Ladies Santa Rosa te invitan al taller virtual sobre el uso de Git cuando todo parece salir mal! Aprenderemos a resolver siete situaciones comunes de error utilizando ejercicios prácticos inspirados en Oh Shit, Git! y el paquete R {saperlipopette}.

Git, un gentil 'push' vers une meilleure maîtrise

Fri, 20 Jun 2025 00:00:00 +0000

Une pratique confiante de Git peut changer la vie professionnelle de toute personne écrivant du code ou de la prose avec R, résultant en un historique utile à parcourir ou à consulter, la possibilité de travailler en parallèle sur différents aspects, etc. En particulier, la meilleure pratique Git est de créer de petits commits atomiques avec des messages informatifs. Pourquoi ? Et comment ?

Apprenez trois raisons pour lesquelles les petits commits Git valent la peine. Découvrez comment les créer de manière réaliste, sans trop de tracas. Pratiquez en toute sécurité avec le paquet R saperlipopette, et partagez vos propres conseils et questions sur Git !

Why Small Git Commits Matter (and How to Make Them!)

Tue, 27 May 2025 00:00:00 +0000

A confident Git practice can change the work life of anyone writing code or prose with R, resulting in a useful history to browse or go back to, the possibility to work in parallel on different aspects, etc. In particular, it is best git practice to create small, atomic commits with informative messages. Why? And how?

Learn three reasons why small Git commits are worth it. Discover how to realistically create them, without too much hassle. Find out how the saperlipopette R package can help you practice safely, and share your own Git tips and questions!

Comment traduire vos documents efficacement dans R

Tue, 20 May 2025 00:00:00 +0000

Avec Yanina Bellini Saibene, Paola Corrales, Elio Campitelli, Pascal Burkhard

La communauté des utilisateur·rice·s de R est mondiale et donc multilingue. Les personnes qui produisent du contenu sur R, qu’il s’agisse de sites de documentation, de livres ou d’articles de blog, adaptent fréquemment leurs documents à des publics multilingues. À rOpenSci, nous avons un projet de publication multilingue actif, pour lequel nous avons traduit notre guide de développement de paquets et d’autres documents de l’anglais vers l’espagnol. Une traduction vers le portugais est également en cours. La réalisation de ce travail a nécessité le développement non seulement de processus humains, mais aussi de deux paquets R : babelquarto pour construire des sites et des livres Quarto multilingues, et babeldown pour utiliser l’API de traduction automatique DeepL afin d’accélérer le processus de traduction des documents Markdown. Les paquets babelquarto et babeldown se sont révélés utiles au-delà de notre projet. Dans cette communication, nous présenterons les deux paquets, leurs fonctionnalités et leurs limites.

Créer une documentation Quarto mutilingue avec babelquarto

Notre guide de développement est publié avec Quarto, car il s’agit d’un outil moderne qui, contrairement à Hugo par exemple, est assez facile à apprendre et également utile pour d’autres applications telles que les rapports et les présentations. Malheureusement, Quarto ne permet pas de créer des sites et des livres multilingues, c’est-à-dire des sites et des livres où chaque page a un lien vers sa version dans d’autres langues. C’est pourquoi nous avons décidé de créer un paquet qui permet de construire de tels livres et sites avec Quarto. Basé sur des documents avec différentes extensions en fonction de la langue, et sur des champs de configuration spécifiques, babelquarto construit les différentes versions d’un livre ou d’un site, et ajoute les liens vers d’autres langues. Le paquet fonctionne parfaitement pour notre guide de développement de paquets. Il est également utilisé par d’autres communautés et projets, ce qui donne lieu à des contributions qui rendent le paquet encore plus collaboratif et adapté à d’autres utilisations.

Utiliser un outil de traduction avancée avec babeldown

Nous nous appliquons à réduire les efforts humains grâce à l’automatisation. Tout d’abord, au lieu de traduire des documents à partir de zéro, nous nous appuyons sur une traduction automatique réalisée par DeepL, ce qui nous permet de concentrer notre travail de traduction manuelle sur des aspects tels que le choix des mots les plus appropriés pour notre communauté ou l’utilisation de formulations non genrées. Deuxièmement, afin d’automatiser le processus autant que possible, nous ne voulons pas faire de copier-coller à partir d’un outil externe. Troisièmement, nos documents sont préparés en Markdown et la traduction automatique doit donc respecter cette syntaxe. Sur la base de ces trois critères, nous avons créé le paquet R babeldown, qui envoie le contenu des documents Markdown à l’API de traduction DeepL et écrit le résultat dans des documents Markdown corrects. En outre, babeldown permet de mettre à jour les traductions en ne traduisant que les parties qui ont été modifiées, ce qui fait gagner du temps aux traducteurs et de l’argent si on paie pour l’utilisation de l’API.

Leçons apprises

L’infrastructure créée s’intègre bien aux flux de travail R, Git et GitHub et a été utilisée avec succès par rOpenSci pour traduire du contenu en anglais, portugais, espagnol et français. Elle est également utilisée par d’autres projets tels que R4Epi, et le développement reste réactif aux demandes des utilisateur·rice·s.

Références

Hack your way to a good Git history

Tue, 13 May 2025 00:00:00 +0000

This talk was featured on the R Weekly podcast by Eric Nantz and Mike Thomas.

Un meilleur historique Git, sans difficulté

Fri, 11 Apr 2025 00:00:00 +0000

Une pratique confiante de git peut changer la vie professionnelle de quiconque écrit du code ou de la prose avec R. Avec git on obtient un historique utile à parcourir ou à consulter, la possibilité de travailler en parallèle sur différents aspects, etc. En particulier, un conseil récurrent sur git est de créer de petits commits atomiques avec des messages informatifs. Pourquoi ? Et comment ? Apprenez trois avantages des petits commits git. Découvrez comment les créer de manière réaliste, sans trop de tracas. Découvrez comment le paquet R saperlipopette peut vous aider à vous entraîner en toute sécurité, et partagez vos propres conseils et questions sur git !

Merci de noter que c’est un meetup pour celles ou ceux qui utilisent déjà un peu Git, commit, push et un peu les branches, et GitHub ou autre plate-forme. Ce n’est pas pour découvrir Git depuis 0, mais depuis une pratique basique.

Reemplazando la torre de Babel: herramientas para documentos multilingües en R

Fri, 22 Nov 2024 00:00:00 +0000

Con Yanina Bellini Saibene, Paola Corrales, Elio Campitelli

La comunidad de usuarios y usuarias de R es global y por lo tanto multilingüe. Quienes producimos contenidos sobre R, ya sean sitios de documentación, libros, entradas de blog, adaptamos frecuentemente nuestros documentos a audiencias en varios idiomas. En rOpenSci tenemos un proyecto fructífero de publicación multilingüe, para el cual traducimos nuestra guía de desarrollo de paquetes y otros materiales de inglés a español. También se está realizando esta traducción al portugués. Llevar a cabo este trabajo necesitó desarrollar no solo procesos humanos, sino también dos paquetes de R: babelquarto para construir sitios y libros Quarto multilingües, y babeldown para utilizar la API de traducción automática DeepL para acelerar el proceso de traducción de documentos Markdown. Babelquarto y babeldown resultaron útiles más allá de nuestro proyecto. En esta charla presentaremos los dos paquetes, sus funcionalidades y límites.

babelquarto: para construir sitios y libros Quarto multilingües

Nuestra guía de desarrollo está publicada con Quarto, porque es una herramienta moderna que al contrario de, por ejemplo, Hugo, es bastante fácil de aprender y además útil para otras aplicaciones como reportes y presentaciones. Desafortunadamente, en Quarto nativo no se pueden construir sitios y libros multilingües: sitios y libros donde cada página tiene un enlace a su versión en otros idiomas. Por eso decidimos crear un paquete que permite construir tales libros y sitios con Quarto. Basándose en documentos con distintas extensiones dependiendo del idioma y en campos de configuración específicos, babelquarto construye las diferentes versiones de un libro o sitio, y añade los enlaces hacia otros idiomas. El paquete funciona perfectamente para nuestra guía de desarrollo de paquetes. También es utilizado por otras comunidades y proyectos, resultando en contribuciones que hacen al paquete aún más colaborativo y conveniente para otros usos.

babeldown: para traducir documentos Markdown con DeepL

Necesitamos reducir los esfuerzos humanos con la automatización. Primero, en vez de traducir documentos desde cero, nos apoyamos en una traducción automática hecha por DeepL, lo que nos permite enfocar nuestro trabajo de traducción manual en aspectos como elegir las palabras más adecuadas para nuestra comunidad o usar formulaciones neutrales en cuanto al género. Segundo, para poder automatizar el proceso al máximo, no queremos copiar y pegar desde una herramienta externa. Tercero, nuestros documentos están preparados en Markdown por lo que la traducción automática debe respetar esta sintaxis. Con esos tres criterios creamos el paquete de R, babeldown, que envía el contenido de documentos Markdown a la API de traducción DeepL y escribe el resultado en documentos Markdown correctos. Además, con babeldown se pueden actualizar traducciones traduciendo únicamente las partes que cambiaron, ahorrando tiempo para las personas que traducen y dinero si se paga el uso de la API.

Lecciones aprendidas

La infraestructura creada se integra adecuadamente a flujos de trabajo con R, Git y GitHub y ha sido utilizada exitosamente por rOpenSci para traducir contenido en Inglés, Portugues, Español y Francés. También está siendo utilizada por otros proyectos como R4Epi.

Recursos

How your code might get rusty, and what you can do about it

Wed, 10 Jul 2024 00:00:00 +0000

Do you ever find yourself working on a codebase that has gotten a bit rusty over time? Or read an old script and have trouble understanding what it does?

It happens to me regularly, be it code that I wrote myself, or code I was tasked with, such as the established igraph R package. In this talk, I share some of my strategies to suffer less when renovating a codebase, as well as prevention ideas to make future renovations less likely, or easier.

I also discuss the human challenges of software maintenance, based on observations of the federation of maintainers that we try to nurture at rOpenSci.

{saperlipopette}, un paquet R pour progresser en Git en toute sérénité

Thu, 13 Jun 2024 00:00:00 +0000

Une pratique de Git confiante peut changer la vie de tout développeur·se de paquets R : un historique utile, une capacité à travailler en parallèle sur différents aspects dans différentes branches, etc. Cependant, il faut en arriver là à la sueur de son front, car Git, ce n’est pas simple ! Notamment, un obstacle peut être de ne pas savoir où et comment s’entraîner à utiliser les commandes moins basiques telles que git commit --amend pour changer son dernier commit, git rebase -i pour retravailler l’historique d’une branche, git bisect pour trouver quel commit a introduit ce fichu bug… Le paquet R saperlipopette est là pour vous aider ! Il offre pour le moment 12 exercices, inspirés du célèbre site “Dangit, Git!?!”, ou de la pratique Git de l’autrice. Chaque exercice est commencé en appelant une fonction telle que saperlipopette::exo_committed_to_wrong() qui concerne le scénario “zut, j’ai fait mon commit sur la mauvaise branche”. La fonction crée l’exercice dans un dossier qu’on lui indique, temporaire par exemple. L’utilisateur·rice ouvre R dans ce dossier, et lit les instructions qui apparaissent. Si cela ne suffit pas, il·elle peut appeler la fonction tip() qui lui donne des indices en plus. Ainsi, on s’entraîne à Git sur un scénario utile et réaliste, avec ses outils habituels, depuis notre chère console R, dans un dossier où il n’y a rien à casser. Dans cette présentation, je vous expliquerai pourquoi j’ai créé ce paquet, comment il s’utilise, et pourquoi les fichiers .Rprofile sont les rois de son implémentation.

Building packages that are fantastic to use, trust worthy, and easy to grow

Mon, 06 May 2024 00:00:00 +0000

With James Black.

Package Development: the Mechanics

Thu, 22 Feb 2024 00:00:00 +0000

Three training sessions for the second cohort of rOpenSci champions, on R package development.

Beautiful code, because we’re worth it!

Thu, 15 Feb 2024 00:00:00 +0000

Training session for the second cohort of rOpenSci champions. Tips for more readable code.

Summary blog post co-authored with Yanina Bellini Saibene.

Du code beau, parce que nous le valons bien !

Tue, 06 Feb 2024 00:00:00 +0000

Reemplazando la torre de Babel: herramientas para multilingüismo en R

Fri, 17 Nov 2023 00:00:00 +0000

Package Development: Not Rocket Science

Thu, 23 Mar 2023 00:00:00 +0000

Workshop for R users who’ve already developped or contributed to packages. Ideally, come with a package of yours to use as a playground.

Package Development: the Mechanics

Tue, 14 Mar 2023 00:00:00 +0000

renv demo

Thu, 20 Oct 2022 00:00:00 +0000

Why and how to use the renv package to handle the R dependencies of a project.

Become an R Package Developer!

Tue, 28 Jun 2022 00:00:00 +0000

R packages are an ideal way to package and distribute R code and data for re-use by others. In this session, with a live demo, we shall demystify the creation of an R package using automated tools like usethis. We will also uncover why to create a package (or not), how to improve your R package and your package development skills. The session will also highlight how to solve the challenges you will encounter in developing an R package. Lastly, we will discuss how to find your happy place in the world of R package development – as a devoted maintainer of one package or a valued contributor to dozens of packages.

Is R the Right Toolset for eScience/Open Science? Fireside Chat

Wed, 15 Jun 2022 00:00:00 +0000

Chat with Shalini Urs from Information Matters. Accompanying post by Shalini Urs.

rOpenSci Software Peer Review: 🤗 Empathy, 📶 communication, 🗒️ documentation, and 🤖 automation

Tue, 07 Jun 2022 00:00:00 +0000

At rOpenSci, packages contributed by the community undergo a transparent, constructive, non adversarial and open review process. In this talk I’ll briefly present how our peer-review system is built upon empathy, communication, documentation and automation.

Research software engineers: how will they shape statistics?

Wed, 20 Apr 2022 00:00:00 +0000

Become an R Package Developer!

Mon, 04 Apr 2022 00:00:00 +0000

“Develop an R package”, they said… What does this even mean? In this session with a live demo, we shall demystify the creation of an R package. R packages are mostly well-organized folders, and there are automatic tools to help. Let’s dive into the wonders of usethis! We shall also see why to create a package (or not). We shall furthermore explain how to improve your R package and your own package development skills. And how to solve the specific new challenges you will encounter! Last but not least we will discuss how to find your happy place in the world of R package development. Do you want to be more of a devoted maintainer of one single package? Or perhaps a valued contributor to dozens of packages?

Être un•e programmateur•rice résilient•e

Thu, 10 Mar 2022 00:00:00 +0000

Apprendre à programmer, quelle bonne idée ! Et que d’efforts à venir…

En effet, même une fois passé·e au-delà de “Bonjour Monde”, vous continuerez régulièrement à avoir des problèmes…

Triste constat ? Non, car vous apprendrez aussi à devenir un·e praticien·ne résilient·e !

Dans cette présentation ancrée dans mon expérience avec le langage de programmation R, je vous donnerai quelques pistes pour mieux gérer votre portefeuille de savoir, et pour vous tirer des mauvais pas avec brio ou au moins pas trop de souci.

J’espère que chacun·e d’entre vous apprendra au moins une chose nouvelle !

Enhancing Software Peer Review with GitHub Automation

Tue, 07 Dec 2021 00:00:00 +0000

Summary from rOpenSci website: Software peer-review involves coordinating and tracking many moving parts: software submissions, testing and diagnostics, assignment of editors and reviewers, and logging the progression of submissions through revisions and acceptance.

On this call we will discuss how rOpenSci has worked with The Journal of Open Source Software to extend JOSS’s approach of chatops-driven publishing into a new GitHub chat-bot that manages our editorial process: assigning tasks, tagging issues, running tests on software submissions, and returning reports to reviewers and editors, logging reviews in an external (Airtable) database, all from the comfort of a GitHub issue comment. Chat-ops automation has been critical to JOSS’s success, and shows huge promise for automating even more tedious tasks like frequent software checks and compliance with best practices.

We will show how our new review bot improves the author and editor experience, demonstrate how other teams can use and customize the bot, and discuss how this approach can be extended to tackle other automation, code review, and reproducibility challenges.

Être un•e utilisateur•rice de R résilient•e

Thu, 02 Dec 2021 00:00:00 +0000

Apprendre R est une excellente idée pour réaliser différentes tâches au travail. Cependant, même une fois passé·e au-delà de “Bonjour Monde”, vous continuerez régulièrement à avoir des problèmes dans R… Triste constat ? Non, car vous apprendrez aussi à devenir un·e utilisateur·rice de R résilient·e !

Dans cette présentation je partagerai des astuces à cet effet : comment suivre les nouveautés de R sans se sentir submergé·e ; et comment et où demander de l’aide efficacement. J’espère que chacun·e repartira avec quelques clés de plus pour une utilisation joyeuse de R !

Please... draw me a project

Tue, 16 Nov 2021 00:00:00 +0000

A good R project organization is useful even if you do not have collaborators as demanding as The Little Prince. But how to do that? Do you put the project in some sort of box? In this talk I will present tools that are good to know: git, here, renv, targets, orderly… I’ll also report whether making an R package out of everything is always a good idea. After this presentation you will have learnt tips and tricks to apply as you like in your R projects. I hope every one of you will learn at least one new thing!

¡Por favor... Dibújame un proyecto!

Tue, 28 Sep 2021 00:00:00 +0000

Tener organizados tus proyectos de R es útil aunque no tengas colaboradores tan exigentes como El Principito. ¿Pero cómo se logra? ¿Se pone el proyecto en algún tipo de caja? En esta charla presentaré algunas herramientas útiles: git, here, renv, targets, orderly… También explicaré si transformar todo en un paquete de R siempre es una buena idea. Después de mi charla habrás oído consejos y trucos para tus proyectos en R. ¡Espero que cad@ un@ aprenda al menos una cosa nueva!

Please... draw me a project

Sat, 04 Sep 2021 00:00:00 +0000

S’il-vous-plaît… Dessine-moi un projet

Mon, 12 Jul 2021 00:00:00 +0000

Bien structurer ses projets R, c’est utile, même si l’on n’a pas des collaborateurs ou collaboratrices aussi exigent·e·s que le Petit Prince. Mais on fait comment ? On met le projet dans un boa ou une boîte à trous ? Dans cette présentation, je vous parlerai d’outils qu’il est bon d’apprivoiser : here, renv, targets, devtools… ça vous dit quelque chose ? Faire de tout un paquet R, pour, contre, ou réponse de Normand·e ? Après m’avoir écoutée, vous aurez en poche des astuces à rapporter sur votre planète pour faire fleurir vos roses et mourir vos baobabs, avec la confiance pour développer votre propre manière de jardiner.

GET better at testing your R package!

Wed, 07 Jul 2021 00:00:00 +0000

This tutorial is about Advanced testing of R packages, with HTTP testing as a case study. Unit tests have numerous advantages like preventing future breakage of your package and helping you define features (test-driven development). In many introductions to package development you learn how to set up testthat infrastructure, and how to write a few “cute little tests” with only inline assertions. This might work for a bit but soon you will encounter some practical and theoretical challenges: e.g. where do you put data and helpers for your tests? If your package is wrapping a web API, how do you test it independently from any internet connection? And how do you test the behavior of your package in case of API errors? In this tutorial we shall use HTTP testing with the vcr package as an opportunity to empower you with more knowledge of testing principles (e.g. cleaning after yourself, testing error behavior) and testthat practicalities (e.g. testthat helper files, testthat custom skippers). After this tutorial, you will be able to use the handy vcr package for your package wrapping a web API or any other web resource, but you will also have gained skills transferable to your other testing endeavours! Come and learn from rOpenSci expertise!

Find your way in the R world

Mon, 05 Jul 2021 00:00:00 +0000

Tips on why & how to follow R news and how & where to get help with R.

Être un•e utilisateur•rice de R résilient•e

Mon, 07 Jun 2021 00:00:00 +0000

Set up your package to foster a community

Thu, 22 Apr 2021 00:00:00 +0000

Summary from rOpenSci website: rOpenSci puts ongoing effort into exploring and communicating how developers can best attract attention to their package (e.g. usage, citations, or feedback), or how to set up their repository to encourage the types of contributions they want. In this 1-hour community call, Maëlle Salmon, Hugo Gruson, and Steffi LaZerte will share tips and examples on how to do this!

What is the community of a package or project?
Include a Code of Conduct
What goes in your package contributing guide? Etiquette and setup
Use your README to share your expectations with users and potential contributors
Use issue templates
Use issue labels to explicitly invite contributions (code or non-code) and user feedback
Include a roadmap so potential contributors know where your package is going, what you plan to implement, and what you won’t
What characteristics of a package or project make contributors keep coming back?

Come hear our best recommendations, and share your favorites. Stefanie Butland will moderate to get answers to your questions and we’ll have a collaborative notes doc to harness everyone’s collective wisdom.

Become an R Package Developer!

Fri, 26 Mar 2021 00:00:00 +0000

Être un•e utilisateur•rice de R résilient•e

Fri, 05 Feb 2021 00:00:00 +0000

Blogging with R Markdown

Fri, 15 Jan 2021 00:00:00 +0000

Are you an R user? Would you like sharing more online? How about starting a new blog, with R Markdown (Rmd)?

In this 2-hour course with live coding, we’ll go on two short adventures:

setting up a scientific Rmd blog with the Distill framework and the distill package
setting up a scientific Rmd blog with the Hugo website generator and the blogdown package (and discussing the hugodown package)

We’ll prepare for the adventures by defining what we expect of an Rmd blog. We’ll end the course by reflecting on each adventure as well as mentioning important future paths such as how to promote your blog. You should leave the course ready to start a scientific R Markdown blog with your tool of choice, and knowing where to find more resources and help.

All things R

Thu, 17 Dec 2020 00:00:00 +0000

I was interviewed by Peter Schmidt on the RSE Stories podcast created by Vanessa Sochat. You can listen to the 26 minute long episode. Thanks Peter for the invitation and interview!

Blogging with R Markdown

Mon, 30 Nov 2020 00:00:00 +0000

Are you an R user? Would you like sharing more online? How about starting a new blog, with R Markdown (Rmd)?

In this 2-hour course with live coding, we’ll go on two short adventures:

setting up a scientific Rmd blog with the Distill framework and the distill package
setting up a scientific Rmd blog with the Hugo website generator and the hugodown package (and discussing the blogdown package)

Become an R Package Developer!

Mon, 02 Nov 2020 00:00:00 +0000

Bloguear con R Markdown

Fri, 09 Oct 2020 00:00:00 +0000

Eres un usuari@ de R y querrías compartir más contenido en linea? Porqué no crear un nuevo blog, con R Markdown (Rmd)? En esta charla-taller de 2 horas con demonstración en vivo, tendremos dos adventuras:

Crear un blog Rmd con el paquete distill
Crear un blog Rmd con el paquete hugodown

Nos preparamos para estas aventuras definiendo lo que queremos de un blog Rmd. Acabaremos el curso reflecionando sobre cada aventura y explicando caminos futuros, por ejemplo cómo hacer la publicidad de tu blog. Si todo va bien al final del curso te sentirás capaz de crear un blog Rmd con el paquete que prefieras, y sabrás donde encontrar más recursos.

Sistema de revision de paquetes de rOpenSci

Thu, 08 Oct 2020 00:00:00 +0000

Presentación del sistema de revision de paquetes de rOpenSci durante el ReproHack en LatinR.

Presentación por Miguel Alvarez

Scientific Blogging with R Markdown

Fri, 03 Jul 2020 00:00:00 +0000

Are you an R user who works in science? Would you like sharing more online? How about starting a new blog, with R Markdown (Rmd)?

In this 2-hour course with live coding, we’ll go on three short adventures:

setting up a scientific Rmd blog with the Distill framework and the distill package
setting up a scientific Rmd blog with the Hugo website generator and the hugodown package
adding Rmd posts to a Wordpress blog.

How to improve your R package (Automatically ✨, and not 🧠)

Fri, 19 Jun 2020 00:00:00 +0000

How can you write a good R package? Read a starter guide, the “R packages” book, “Writing R Extensions”, and then? This talk will feature ways to take your R package, and your R development skills, to the next level! We shall present tools that equip you with helpful flags and metrics, from R CMD check locally and on the cloud, to lintr::lint_package() and covr::package_coverage(). We shall also mention tools that automagically improve your package or its docs: the styler and pkgdown packages. Furthermore, we shall explain how rOpenSci Software Peer Review helps package authors receive human and humane feedback. Finally, we shall advocate for learning from others’ experience, be it by directly reading code; or by reading blogs such as the R-hub blog and developers’ forums such as R-package-devel mailing list. We don’t aim to go through a catalogue: we hope you’ll get away from this talk with one or a few lifechanging habits for your daily R development work.

Obtain & wrangle OpenAQ data with R: ropenaq and beyond

Tue, 31 Mar 2020 00:00:00 +0000

OpenAQ is a non-profit fighting air inequality by harmonizing disparate real-time and historical AQ open data. In my talk I explained how to get OpenAQ data into R via my own ropenaq package, and via Amazon Web Services Athena.

rOpenSci, revues de packages R par les pairs pour une meilleure science

Wed, 29 Jan 2020 00:00:00 +0000

Présentation du système de revue de paquets de rOpenSci pour un groupe de travail à l’INSEE.

Revisar paquetes para una mejor ciencia

Thu, 26 Sep 2019 00:00:00 +0000

rOpenSci, revues de packages R par les pairs pour une meilleure science

Fri, 29 Mar 2019 00:00:00 +0000

Pour assurer la qualité de tous les paquets, rOpenSci a un système de revue des paquets par des pairs, rOpenSci Software Peer Review. Ce système est transparent et accessible sur GitHub. Dans cette intervention nous présenterons les principes du système et son application, dans l’espoir de motiver votre participation… ou la création d’un système similaire dans votre domaine?

Mejores paquetes de R, mejor ciencia

Fri, 25 Jan 2019 00:00:00 +0000

La ciencia abierta no puede llevarse a cabo si no tenemos herramientas para practicarla. rOpenSci es una organización sin fines de lucro fundada en el 2011 que consiste en una comunidad de científic@s y programadoras que sostienen la ciencia abierta y reproducible con herramientas en R. A través de estos seis años, se ha desarrollado un ecosistema de herramientas de fuente abierta, organizado unconferencias/hackatons anuales y revisado software desarrollado por la comunidad. El fin es que la comunidad científica tenga no solo apoyo en el desarrollo de software, sino también que como comunidad, desarrollemos herramientas que permitan la fácil reproducción y replicabilidad de los artículos centíficos. En esta charla describiré el trabajo que ha realizado rOpenSci, cómo ayuda esto al desarrollo de una mejor ciencia y las herramientas disponibles utilizando R.

How to be a resilient R user

Thu, 10 Jan 2019 00:00:00 +0000

Fluctuat nec mergitur: How to be a resilient R user. We will deal with seeking for assistance on R’s oceans: how to get help, how to keep up-to-date.

I also gave the talk at R-Ladies Strasbourg on 2018-10-26, and at R-Ladies San Jose (remotely) on 2019-01-21.

The birder’s guide to rOpenSci

Wed, 12 Sep 2018 00:00:00 +0000

A presentation full of use cases of rOpenSci packages!

¡Mejor ciencia con rOpenSci!

Wed, 05 Sep 2018 00:00:00 +0000

Panelist in "Storytelling With Data Science"

Thu, 26 Jul 2018 00:00:00 +0000

Capturez votre écran depuis R !

Thu, 05 Jul 2018 00:00:00 +0000

Avez-vous déjà voulu montrer votre beau site internet ou votre magnifique app Shiny dans des diapos ? Avez-vous capturé l’écran, enregistré puis rogné et embelli l’image, avant d’insérer à la main sa localisation dans la source de vos diapos ? Puis réalisé que ce serait bien de changer l’exemple… et tout recommencé ? Simplifiez-vous la vie et créez vos captures grâce aux paquets webshot[1] et magick[2] ! Reproducibilité et moindre effort ! Quelques commandes R à connaître et écrire dans votre source RMarkdown, et zoup, vous pourrez capturer votre écran à tout va ! Ce poster présentera ces outils avec des exemples pratiques.

Références

[1] Winston Chang (2017). webshot: Take Screenshots of Web Pages. R package version 0.5.0. https://CRAN.R-project.org/package=webshot

[2] Jeroen Ooms (2018). magick: Advanced Graphics and Image-Processing in R. R package version 1.8. https://CRAN.R-project.org/package=magick

Notre système de revue de paquets en revue

Thu, 05 Jul 2018 00:00:00 +0000

A shorter re-do, in French, of my SatRday Cape Town talk about rOpenSci software review.

rOpenSci est une communauté de chercheurs et de développeurs informatiques collaborant pour créer des paquets R pour soutenir la science ouverte et reproductible. Certains de ces paquets sont créés et maintenus par le personnel de rOpenSci, d’autres par des volontaires. Pour assurer la qualité de tous les paquets, rOpenSci a un système de revue des paquets par des pairs [1]. Ce système est transparent et accessible sur GitHub. Dans cet oral, ce système sera présenté. Des analyses des revues seront présentées grâce à des outils R d’extraction de données git et GitHub [1-6] et à des outils R d’analyse de code et de texte [7-8]. Venez écouter cet oral si vous êtes curieux de la revue de paquets par les pairs, ou que vous vous demandez comment interagir avec l’API V4 de GitHub, comment dompter du JSON, visualiser un historique git, compter des lignes de code, et résumer le texte d’issues GitHub ! Vous apprendrez sûrement quelque chose.

Références

[1] Karthik Ram, Noam Ross, Scott Chamberlain (2017). Lightning talk: A model for peer review and onboarding research software. 4th Workshop on Sustainable Software for Science: Practice and Experiences (WSSSPE4). https://pdfs.semanticscholar.org/0d9b/e20b0a51f1ad6b92bf7eb430240217de32c1.pdf

[2] Scott Chamberlain (2018). ghql: General Purpose GraphQL Client. R package version 0.0.4.9210. https://github.com/ropensci/ghql

[3] Rich FitzJohn, Jeroen Ooms, Scott Chamberlain and Stefan Milton Bache (2017). jqr: Client for ‘jq’, a ‘JSON’ Processor. R package version 1.0.0. https://CRAN.R-project.org/package=jqr

[4] Maëlle Salmon and Scott Chamberlain (2018). ghrecipes: Provides some helper functions for using the GitHub V4 API. R package version 0.1.0. https://github.com/ropenscilabs/ghrecipes

[5] Widgren, S., et al. (2018) git2r: Provides Access to Git Repositories. R package version 0.21.0. URL https://CRAN.R-project.org/package=git2r.

[6] Lorenz Walthert (2018). gitsum: Parse and summarize git repositories. R package version 0.0.9001.

[7] Bob Rudis and Al Danial (2018). cloc: Count Lines of Code, Comments and Whitespace in Source Files and Archives. R package version 0.1.0.

[8] Silge J and Robinson D (2016). “tidytext: Text Mining and Analysis Using Tidy Data Principles in R.” JOSS, 1(3). doi: 10.21105/joss.00037 (URL: http://doi.org/10.21105/joss.00037), <URL: http://dx.doi.org/10.21105/joss.00037>.

[9] Rinker, T. W. (2018). sentimentr: Calculate Text Polarity Sentiment version 2.2.3. http://github.com/trinker/sentimentr

Our package reviews in review!

Sat, 23 Jun 2018 00:00:00 +0000

A shorter re-do of my SatRday Cape Town talk about rOpenSci software review.

Get on your soapbox, R blog content and promotion

Wed, 23 May 2018 00:00:00 +0000

Our package reviews in review!

Sat, 17 Mar 2018 00:00:00 +0000

rOpenSci is a community of researchers and software developpers working together to provide better R tooling, mostly packages, for reproducible and open science. Some of these packages are contributed by staff, others by community members. In order to ensure quality of packages in the suite, rOpenSci onboards packages from the community by having them undergo an open review process on GitHub. In this talk, you’ll get introduced to this onboarding system. You’ll hear about brand-new analyses of the system in R thanks to my rectangling onboarding. You’ll also get to learn about our continuous efforts at improving our system even more, in particular via automation. Come hear this talk if you want to know more about software review and about Git(Hub) data analysis!

R package development

Fri, 16 Mar 2018 00:00:00 +0000

This hands-on workshop will allow you to transform a bunch of R functions into an R package. You’ll also learn how to make it usable and used! We’ll assume you can write functions, and a basic familiarity with Git & GitHub.

Here is what we’ll learn:

Why develop a package?
What is in a package?
devtools workflow to create a package
Automatic tools for improving a package, from R CMD Check to linting
Creating a slick documentation website with pkgdown
Why and how to have your package reviewed?
How to make your package famous or at least reach your audience?
Package analytics via CRAN logs and via the gh package.

Attendees should bring a laptop with the latest versions of R and RStudio installed. Also bring your experience and questions about packages!

Get on your soapbox, R blog content and promotion

Thu, 15 Mar 2018 00:00:00 +0000

How to develop good packages (for open science)

Mon, 11 Dec 2017 00:00:00 +0000

Using an R package as platform for harmonized cleaning of data from RTI MicroPEM air quality sensors

Thu, 06 Jul 2017 00:00:00 +0000

RTI MicroPEM is a small particulate matter personal exposure monitor, increasingly used in developed and developing countries. Each measurement session produces a csv file which includes a header with information on instrument settings and a table of thousands of observations of time-varying variables such as particulate matter concentration, relative humidity. Files need to be processed for 1) generating a format suitable for further analysis and 2) cleaning the data to deal with the instruments shortcomings. Currently, this is not done in a harmonized and transparent way. Our package pre-processes the data and converts them into a format that allows the integration the rich set of data manipulation and visualization functionalities that the tidyverse provides.

We made our software open-source for better reproducibility, easier involvement of new contributors and free use, particularly in developing countries. We applied the package in a research project for a large number of measurements. The functionalities of our package are three-fold: allowing conversion of files, empowering easy data quality checks, and supporting reproducible data cleaning through documentation of current workflows.

For inspection of individual files, the package has a R6 class where each object represents one MicroPEM file, with summary and plot methods including interactivity thanks to rbokeh. The package also contains a Shiny app for exploration by non-experienced R users. The Shiny app includes a tab with tuneable alarms, e.g. “Nephelometer slope was not 3” which empowered rapid checks after a day on the field. For later stages of a study after a bunch of files has been collected, the package supports the creation of a measurements and a settings data.frames from all files in a directory. We exemplify data cleaning processes, in particular the framework used for the CHAI project, in a vignette, in a transparency effort.

The package is currently available on Github. Since air pollution sensors that would output csvy (csv file with yaml frontmatter) instead of weird csv; and produce ready-to-use data are currently unavailable, rtimicropem can be an example of how to use an R package as a central place for best practices, thus fostering reproducibility and harmonization of data cleaning across studies. We also hope it can trigger more use of R in the fields of epidemiology and exposure science.

rOpenSci onboarding system and community

Mon, 03 Jul 2017 00:00:00 +0000

A quick presentation of rOpenSci Software Peer Review, in a pre-conference session that was aimed at newcomers to useR! as an introduction to the conference and the wider R community.

How I became a crolute i.e. an user of the crul package

Fri, 30 Jun 2017 00:00:00 +0000

A lightning talk, that I gave in French, about my experience using the crul package in a package accessing data from a web API.

Automatic tools for improving R packages

Tue, 13 Jun 2017 00:00:00 +0000

Domar datos con dplyr y tidyr

Mon, 20 Mar 2017 00:00:00 +0000

Wrangle OpenAQ extraordinary data

Sat, 25 Feb 2017 00:00:00 +0000

Introduction to R Markdown

Thu, 02 Feb 2017 00:00:00 +0000

Data is in the air, open air quality data!

Mon, 30 Jan 2017 00:00:00 +0000

A PechaKucha talk about (why to) open air quality data.

Introduction to R Markdown

Sun, 15 Jan 2017 00:00:00 +0000

Domar datos

Thu, 14 Apr 2016 00:00:00 +0000